Script for peaksearching images from the command line
 
Uses the connectedpixels extension for finding blobs above a threshold
and the blobcorrector(+splines) for correcting them for spatial distortion
 
Defines one function (peaksearch) which might be reused

Modules
		ImageD11.blobcorrector fabio.fabioimage fabio.file_series glob numpy os sys time

Classes
		timer   class timer       Methods defined here: __init__(self) msg(self, msg) tick(self, msg='') tock(self, msg='')

Functions
		correct(data_object, dark=None, flood=None) Does the dark and flood corrections get_options(parser) Add our options to a parser object peaksearch(filename, data_object, corrector, thresholds, labims) filename  : The name of the image file for progress info     data_object : Fabio object containing data and header  corrector : spatial and dark/flood , linearity etc   thresholds : [ float[1], float[2] etc]   labims : label image objects, one for each threshold peaksearch_driver(options, args) To be called with options from command line sqrt(...) sqrt(x)   Return the square root of x.

Data
		reallystart = 1222250671.1038129 stop_now = False